Wie funktionieren DNA-Datenbanken?

Antworten:

Sie funktionieren wie jede andere Datenbank

Erläuterung:

DNA-Datenbanken funktionieren wie jede andere Datenbank. Das heißt, sie speichern Daten.

Die Daten auf jedem DNA-Stück werden als Datensatz gespeichert, und der Datensatz enthält Felder, die die Daten enthalten.

Die vorhandenen Felder hängen von der jeweiligen Datenbank ab. Im Minimum gibt es jedoch ein eindeutiges Identifizierungsfeld (dies gibt einen eindeutigen Namen oder Code für jedes DNA-Stück) und ein Feld, das die DNA-Sequenz enthält. Es kann jedoch auch Felder geben, die den Namen des Organismus enthalten, von dem die DNA stammt, und andere Felder, die relevante Informationen enthalten, wie das Datum, an dem die Probe sequenziert wurde, die Namen der Forscher, deren Sequenzdaten und zugehörige wissenschaftliche Veröffentlichungen , usw.

Das Kluge ist, wie die DNA-Datenbank durchsucht wird.

In den meisten Fällen, beispielsweise bei der Suche nach Google, durchsuchen wir Datenbanken mit Schlüsselwörtern. Das heißt, wir suchen nach einer exakten Übereinstimmung mit dem Wort (Buchstabenkette), das wir eingegeben haben. Wenn wir jedoch bei einer DNA-Datenbank nur nach Schlüsselwörtern suchen, würden wir immer nur exakte Übereinstimmungen finden, dh wir würden nur die dasselbe Stück DNA aus demselben Organismus. Wir würden nur gleich gut passen.

Diese "Like-for-Like" -Anpassung würde bedeuten, dass immer nur ein Stück DNA gefunden würde, das genau übereinstimmte, und wir würden keine verwandten Sequenzen von verschiedenen Organismen finden, oder wir würden keine verwandte DNA innerhalb der DNA finden denselben Organismus (zum Beispiel würden wir keine DNA finden, die für Gene codiert, die eine Familie von Proteinen bilden).

Um diese "Like-for-Like" - Übereinstimmung zu umgehen, werden DNA-Datenbanken mit einem "Ähnlichkeit" -Algorithmus durchsucht. Das heißt, es ist keine Suche nach einer exakten Übereinstimmung. Ein Beispiel dazu finden Sie in den Kommentaren unten (das System erlaubt mir nicht, es hier einzugeben).